液相色谱仪适于分析高沸点不易挥发的、受热不稳定易分解的、分子量大、不同极性的有机化合物；生物活性物质和多种天然产物；合成的和天然的高分子化合物等。它们涉及石油化工产品、食品、合成药物、生物化工产品及环境污染物等，约占全部有机化合物的80%。其余20%的有机化合物，包括*性气体，易挥发低沸点及中等分子量的化合物，只能用气相色谱法进行分析。
液相色谱仪的方法的局限性
液相色谱法虽具有应用范围广的优点，但也有下述局限性。
1、在液相色谱法中，使用多种溶剂作为流动相，当进行分析时所需成本高于气相色谱法，且易引起环境污染。当进行梯度洗脱操作时，它比气相色谱法的程序升温操作复杂。
2、液相色谱法中缺少如气相色谱法中使用的通用检测器（如热导检测器和氢火焰离子化检测器）。近年来蒸发光激光散射检测器的应用日益增多，有望发展成为液相色谱法的一种通用型检测器。
3、液相色谱法不能替代气相色谱法，去完成要求柱效高达10万块理论塔板数以上，必须用毛细管气相色谱法分析组成复杂的具有多种沸程的石油产品。
4、液相色谱法也不能代替中、低压柱色谱法，在200kPa至1MPa柱压下去分析受压易分解、变性的具有生物活性的生化样品。
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